广西山口红树林国家级保护区：山口国家红树林生态自然保护区是1990年9月经国务院批准建立的中国首批(5个)国家级海洋类型保护区之一，1993年加入中国人与生物圈，1994年被列为中国重要湿地，1997年5月与美国佛罗里达州鲁克利湾国家河口研究保护区建立姐妹保护区关系，2000年1月加入联合国教科文组织世界生物圈，2002年被列入国际重要湿地。
山口红树林生态保护区地处亚热带，位于广西北海市合浦县沙田半岛东西两侧，海岸线总50公里，总面积8000平方公里，是中国第二个国家级的红树林自然保护区
海南省清澜港红树林保护区：
世界海拔最低的森林，也是保护最为完整的红树林。
该保护区中心位置地理坐标位19°33’N，110°49’E，地处文昌市的清澜港沿岸一带。保护面积达2948ha，有林面积达2732ha。管辖范围包括冯家港、铺前港等。该保护区于1981年批建，原为县级，后已升格为省级自然保护区。保护区设管理站，位于头宛村。该保护区的总保护面积虽然不及东寨港保护区，但林木面积大，而且树林年龄长，许多林相显示了原生林的特征。如有海莲林树龄达百年以上，调查中有的胸径达1．2m，林内结构复杂，有不少附生植物和藤本植物飞架其间。保护区范围内除了有同东寨港基本相同的红树植物种类外，还有独特的成片正红树(Rhizophora Apiculata)林子，沿着霞村的岸边形成雄伟的景观。木果核在这里可以看到小片的群落。木果袜的蛇状呼吸根在这里有典型的表现。海桑属的4个种，即海桑、杯尊海桑、大叶海桑和海南海桑在这里都有自然分布，其笋状呼吸根形成这些种类的明显待色。小花老鼠勒在东寨港自然群落中并不多见，而在该保护区的潮沟滩涂林缘却常见它与其他红树植物伴生。海芒果、海漆等红树植物也较东寨港的自然群落中容易发现。显然这里的种类多样性优于东寨港，具有较优势的典型性和稀有性，因而具有较大的潜在的科研意义。
福建漳江口红树林国家级自然保护区
福建漳江口红树林国家级自然保护区（简称漳江口保护区）位于福建省漳州市云霄县漳江入海口。最近城镇为云霄县城，位于湿地以西10km，东北向距离厦门约85km。主要保护对象以红树林湿地生态系统、濒危野生动植物物种、东南沿海水产种质资源为主。主要湿地类型有红树林、滩涂、水域或组成的河口湿地等。符合《湿地公约》国际重要湿地指定标准的 1、2、3、8。保护区于 1992 年元月成立，1997 年 7月经福建省人民政府批准为省级自然保护区，2003 年 6 月经国务院批准升格为国家级自然保护区，2008 年被列入《国际重要湿地名录》 。
漳江口保护区内植被类型分为红树林、滨海盐沼、滨海沙生植被3 个植被型，有白骨壤林等 13 个群系，有秋茄—老鼠 等 22个群丛。区内有维管束植物 224 种，有红树植物 5 科 6 属 6 种，盐沼植物 16 科27 属 29 种 1 变种，滨海植物 59 科152 属 184 种。区内营养丰富，从而微生物资源丰富，有微生物 12 科 27 属 45种，与陆地生境的微生物数量比较，红树林土壤细菌数量高于一般陆地生境，而土壤放线菌、真菌数量较少是漳江口红树林国家级自然保护区土壤微生物数量分布的主要特征。
漳江口保护区已查明野生脊椎动物共 359 种，其中哺乳动物 9科 14 种，鸟类 38科154种，爬行类 11 科 37 种，两栖类 5科 13种，鱼类 141 种。列入国家一级重点保护的动物有中华白海豚和缅甸蟒蛇2种， 列入国家二级重点保护的动物有宽吻海豚、 黄嘴白鹭、小杓鹬、小青脚鹬、绿海龟、棱皮龟、太平洋丽龟、虎纹蛙等 19 种。省级重点保护动物 24种。保护区鸟类中具有众多的双边国际性协定保护的候鸟，其中中日候鸟保护协定保护的鸟类 77 种、中澳候鸟保护协定保护的鸟类 41种。保护区红树林区潮间带底栖动物 28 种。潮下带底栖生物 181 种。海区浮游植物 201 种，其中硅藻 165 种。浮游动物 180种，其中水母类 59 种，桡足类 71 种。
漳江口保护区位于台风多发区，1955 ～ 1980 年间影响云霄的台风达 150次， 年平均台风影响 5.8 次。红树林湿地是该区域的保护者，在稳固海岸、抵抗台风侵蚀方面有重要作用。
面临问题中国的红树林遭受如此严重的围垦砍伐破坏，而且还在继续遭受破坏，除了少数破坏红树林事件是由于管理不严，被群众的围垦养殖等活动破坏外，大量的还是当地政府的行为。这就不能简单地用环保意识差、对红树林生态系的重要性缺乏认识、或法制观念不强等原因来解释。而是有更深刻的原因-急功近利，经济利益的驱动。因此，只有提高《国家海域使用管理暂行规定》的法律地位，使我们的蓝色国土海洋也同陆域土地一样具有同样的法律地位，才能有效地控制滩涂海域“无法、无偿、无序”的开发使用状态，才能更有效地保护包括红树林在内的滩涂和海洋资源环境。
红树林保护区的污染
原始生态环境遭到多种人类活动的破坏
站在深圳湾畔的红树林海滨生态公园可以直接远眺香港，这被誉为深圳中心“绿肺”的湿地公园吸引了无数游客，但却面临着灭顶之灾。深圳湾水质发黑，时时有臭气和腥气扑面而来，岸边的红树林没有几年前的茂密。据专家调研结果表明，近20年来，红树林面积减少了一半，而这种威胁继续存在，包括因为中标方案更迭而争执不休将要开工的深圳湾体育中心。
红树林正受到多种威胁
位于深圳市福田区的深圳湾畔红树林，与拉姆萨尔国际重要湿地———香港米埔自然保护区一水相隔（最近距离仅仅300米），与深圳中心区相距2.2公里，总面积为367.64公顷，是中国面积最小的国家级森林和野生动物类型的自然保护区，也是世界上唯一的城市中心区内的红树林生态湿地，被国内外生态专家称为海上“绿色瑰宝”。
2006年深圳市委办公厅专门组织对深圳红树林湿地现状及保护进行了一次深入调研，调研的结果显示，由于开发房地产、修建工厂、道路以及围垦养殖等原因，不断减少红树林湿地面积。目前，此处及附近50米以上的高层建筑林立，已经迫使上沙、下沙一带的群鸟活动区域，不得不移至车公庙、滨海生态公园一带。
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